Fils aîné du troisième duc de Gandie, Francisco de Borja naquit à Gandie (sud de Valence) le 28 octobre 1510. Il était par son père, Jean de Borja, l’arrière-petit-fils du pape Alexandre VI et, par sa mère, Jeanne d’Aragon, l’arrière-petit-fils du roi Ferdinand le Catholique. Orphelin de mère en, 1520, il fut élevé par son oncle maternel, Jean d’Aragon, archevêque de Saragosse, jusqu’à ce qu’on l’appelât à la cour de la reine Jeanne la Folle, à Tordesillas, comme page de la princesse Catherine, sœur de Charles-Quint. Quand l’infante Catherine épousa le roi Jean III de Portugal, François retourna à Saragosse pour étudier la philosophie (1525).

En 1528, il entra au service de Charles-Quint qui, en 1529, lui fit épouser une dame d’honneur de l’impératrice Isabelle, Eléonore de Castro, dont il aura huit enfants ; marquis de Llombai en 1530, grand veneur de l’Empereur et grand écuyer de l’Impératrice, Charles-Quint, lui confia la surveillance de la cour pendant la victorieuse campagne contre Tunis (1536), lui demanda de l’instruire en cosmographie, puis se l’adjoignit pendant l’expédition de Provence, et mit sous son influence l’infant Philippe.

De nature pieuse, fidèle à ses devoirs, le marquis de Llombai, pendant une convalescence, lut les homélies de S. Jean Chrysostome ; lors de la campagne de Provence il assista le poète Garcilaso de la Vega dans son agonie et, au retour, après une maladie dont il crut mourir, il prit la résolution de la confession et de la communion mensuelles. Quand l’Impératrice Isabelle mourut (1° mai 1539) il fut chargé de reconnaître et de conduire à Grenade son cadavre décomposé ce qui l’impressionna si profondément qu’il s’écria : Ah ! Je n’aurai jamais d’attachement pour aucun maître que la mort me puisse ravir et Dieu seul sera l’objet de mes pensées, de mes désirs et de mon amour !

Nommé par Charles-Quint vice-roi de Catalogne (26 juin 1539) François Borgia exerça sa charge avec prudence et énergie pendant quatre ans au bout desquels il devint grand majordome de la princesse Marie de Portugal, femme de l’infant Philippe, mais il ne remplit jamais les fonctions car la reine du Portugal ne voulait pas qu’Eléonore de Castro approchât sa fille qui mourut en donnant naissance à l’infant Don Carlos (12 juillet 1545). Quatrième duc de Gandie à la mort de son père (17 décembre 1542), il présidait à plus de trois mille familles vassales, au marquisat de Llombai et à quatorze baronnies.

Eléonore de Castro mourut le 27 mars 1546. Le duc de Gandie, fort lié avec les premiers Jésuites qu’il protégeait de toute son influence, suivit les exercices de saint Ignace et résolut de faire vœu de chasteté et d’obéissance, puis d’entrer dans la Compagnie de Jésus (2 juin 1546) ; il fit secrètement sa profession solennelle (1° février 1548) et s’en vint étudier la théologie à l’université de Gandie qu’il avait fondée.

Le 31 août 1550, sous prétexte de gagner l’indulgence jubilaire de l’Année Sainte, François Borgia se rendit à Rome où il fut ordonné prêtre (23 mai 1551) et y célébra sa première messe (1° août). Il fut envoyé prêcher au Pays Basque, puis au Portugal. En avril 1555, il était commissaire général de la Compagnie de Jésus en Espagne et au Portugal. Charles-Quint le choisit, conjointement avec l’infant Philippe, comme son exécuteur testamentaire. Appelé à Rome, il y arriva le 7 décembre 1561 et fut élu général de la Compagnie de Jésus le 2 juillet 1565.

Il mourut à Rome, le 30 septembre 1572, à minuit. Béatifié par Urbain VIII le 21 novembre 1624, il fut canonisé par Clément X le 12 avril 1671.